Program Kelas Pesantren mengedepankan Adab dan Akhlak sebelum mempelajari ilmu, sangat penting dalam kehidupan dan dengan akhlak, seorang muslim akan menjadi mulia di depan Allah SWT dan Rasul-Nya serta sesama manusia. Materi yang di ajarkan dalam Program Kelas Pesantren yaitu:

1. Tahfizul Quran

2. Muhadhoroh (Pidato)

3. Mahfuzhat (Kata-kata Mutiara)

4. Muhadatsah/Conversation

5. Nahwu dan Shorof

Program Penunjang Kelas Pesantren yaitu: Muhadhoroh Akbar, Musabaqotul Lughoh, Syahril Mahfudzot, MQK ( Musabaqah Qiaratul Kitab), Sorogan (Maghrib Mengaji), Kajian Kitab Ta'lim Muta'alim, Tahsin Quran, Native Speaker, Study Bunding

MTs Plus Asy-Syukriyyah menggunakan materi Kurikulum Dinas Pendidikan dan Kementerian Agama yang diajarkan menggunakan metode ASSTA Kurikulum yang didesain untuk membangun karakter & sesuai tahap perkembangan. ASSTA Kurikulum merupakan Kurikulum yang berlandaskan Al-Qur'an dan Sunnah, berbasis Sains untuk membangun perkembangan otak dan qalbu dengan sentuhan Teknologi termutakhir untuk menghasilkan siswa ber-Akhlaqul Karimah.