Program Kelas Pesantren mengedepankan Adab dan Akhlak sebelum mempelajari ilmu, sangat penting dalam kehidupan dan dengan akhlak, seorang muslim akan menjadi mulia di depan Allah SWT dan Rasul-Nya serta sesama manusia. Materi yang di ajarkan dalam Program Kelas Pesantren yaitu:

1. Tahfizul Quran

2. Muhadhoroh (Pidato)

3. Mahfuzhat (Kata-kata Mutiara)

4. Muhadatsah/Conversation

5. Nahwu dan Shorof

Program Penunjang Kelas Pesantren yaitu: Muhadhoroh Akbar, Musabaqotul Lughoh, Syahril Mahfudzot, MQK ( Musabaqah Qiaratul Kitab), Sorogan (Maghrib Mengaji), Kajian Kitab Ta'lim Muta'alim, Tahsin Quran, Native Speaker, Study Bunding

MTs Plus Asy-Syukriyyah merupakan Kurikulum Khas Asy-Syukriyyah yang merupakan pengayaan dari Kurikulum Kemenag, Kurikulum Diknas, dan Kurikulum Pesantren.

Model Pembelajaran mengedepankan pembelajaran berbasis proyek dan Higher Order Thinking Skill (HOTS).

Kegiatan belajar mengajar MTs Plus Asy-Syukriyyah menerapkan penguatan dan pembentukan Akhlakul Karimah, Cinta Al-Quran dan Membangun Kemampuan Literasi.